MoinMoinin työpöytäversio on normaalia asennusta helpompi ja nopeampi tapa tutustua MoinMoiniin. Työpöytäversio ei tarvitse erillistä palvelinohjelmistoa. Osa MoinMoinin toiminnoista ei ole käytettävissä työpöytäversiossa. Työpöytäversio soveltuu hyvin testaukseen, harjoitteluun ja esimerkiksi henkilökohtaiseen wiki-käyttöön.